Fils du marchand Christian Friedrich Böcklin et d'Ursula Lipp, il part s'installer en Allemagne pour étudier de 1845 à 1847, à l'académie des beaux-arts de Düsseldorf. Il y est disciple du peintre romantique Johann Wilhelm Schirmer et rencontre également Anselm Feuerbach.
De retour en Suisse, il fait la connaissance de l'historien de l'art Jacob Burckhardt et prépare avec lui un voyage en Italie. Il s'établit à Rome, où il épouse Angela Pascucci. Il travaille de 1850 à 1857 dans cette Olympe de l'art classique, poétique et pictural.
En 1859, il part pour Munich et, de 1860 à 1862, enseigne comme professeur à l'École des beaux-arts de Weimar. Il quitte l'enseignement en 1862 et retourne à Rome. Il visite Naples et Pompéi, et approfondit ses inspirations artistiques.
En 1866, rentré dans sa ville natale, il peint plusieurs fresques à sujets mythologiques pour le salon du Kunstmuseum, qui expose également plusieurs de ses tableaux.
En 1870 naît son fils Carlo, qui sera également peintre. Il part pour Florence, de nouveau attiré par l'Italie. Il y rencontre Hans von Marées et, la même année, sa fille Béatrice meurt peu de temps après sa naissance.
Il retourne en Suisse à Zurich. Atteint de ce qu'on appelle à l'époque une « maladie apoplectique » (un accident vasculaire cérébral), il part se reposer près de la mer en Italie : à la Spezia, à Lerici, à San Terenzo (en), puis finalement à Florence en 1893. La Galerie des Offices lui commande un autoportrait pour sa collection particulière du corridor de Vasari.
En 1895, il acquiert une villa dans le quartier San Domenico de Fiesole et il y mourra en 1901. Il est enterré au cimetière des Allori de Florence.
En avril 1880, Böcklin travaille sur la première version de L'Île des Morts, quand Marie Berna-Christ lui commande « un tableau propice à la rêverie ». Böcklin décide de faire une seconde version de dimensions légèrement réduites, toutes deux achevées en juin 1880. La forme blanche et le cercueil sont un ajout effectué à la demande de Marie Christ-Berna, commanditaire de la seconde version. Cependant cet ajout convainc Böcklin de sa nécessité, car il retouchera la première version pour l'inclure, et maintiendra ce motif dans toutes les versions suivantes. Cette demande de Marie Christ-Berna ne peut être comprise qu'en évoquant succinctement sa vie. Elle épouse en 1864 M. Berna qui meurt un an plus tard. En avril 1880, presque au moment où elle commande le tableau à Böcklin, elle se fiance avec le comte Waldemar von Oriola, qu'elle épouse en décembre. On comprend alors cette volonté de Marie Berna de se représenter accompagnant son ancien mari, le confiant à cette île. Elle peut ainsi mettre fin plus facilement à son deuil, et accepter ce nouveau départ par cette forme d'adieu tout en conservant le souvenir de son ancien compagnon. Elle marque la fin et le renouveau de sa vie, sentiment souvent rattaché à la mort.
Au-delà du deuil de Mme Berna, cet ajout équilibre visuellement la composition, et cette tache blanche crée un contraste lumineux avec l'intérieur de l'île recouverte de ces arbres sombres. Cette forme vaporeuse attire le regard, diminuant ainsi l'appréhension du gouffre ténébreux du centre de la peinture. Il est clair que dans les versions suivantes cette forme cesse de ne représenter que Mme Berna mais une sorte de compagnon de route, un adjuvant, voire un ange. La mort apparaît alors juste comme un passage calme, dont cette île est la destination.
À partir de la troisième version, le ciel nocturne laisse place à un jour blême, diminuant la portée énigmatique de la traversée. En parallèle, l'île devient plus précise dans ses contours, et la main de l'homme à travers les aménagements se fait plus visible. Dans la cinquième version, la « mystique » de l'œuvre semble avoir laissé place au concept plus « artificiel » de l'île tombeau, bien qu'y réside toujours l'ombre de la mort.
L'île, dans sa dernière version, est une suite de falaises abruptes, plus hautes et plus claires, formant un hémicycle fermé par une construction humaine absente des premières versions, délimitant ainsi un téménos : en grec, espace coupé du reste du monde et donc sacré. L'horizon plus clair permet de voir l'espace lointain et rien ne s'y trouve, intensifiant l'isolement de l'île. De plus, on n'y accède que par une barque, en traversant une mer d'huile. Le passeur, qui rappelle par sa fonction l'antique Charon, le nocher, dans la dernière version est un homme noir, possiblement pour signifier la distance. En effet, nous pouvons voir ici l'image d'une île ne se trouvant pas en Europe, voire éloignée de toute réalité ; elle ne représente qu'un ailleurs, inconnu et inaccessible aux gens du commun.
En ajoutant ses initiales A. B. sur la tombe à l'extrême droite de l'île, à partir de la troisième version, Böcklin nous livre ici sa vision de l'artiste et se compte parmi les élus. L'artiste devient cet être isolé, ce héros qui doit sans cesse faire le voyage vers l'île, symbole de l'inaccessible et de l'indéfini. La mort et la solitude deviennent alors synonymes, pour celui qui à travers ce périple tire du néant la matière de la création. C'est d'ailleurs l'interprétation qui se dégage du roman de Roger Zelazny portant le même titre.
Autres oeuvres notables:Le symbolisme est un mouvement littéraire et artistique apparu en France, en Belgique et en Russie à la fin du xixe siècle, en réaction au naturalisme et au mouvement parnassien. Le mot est proposé par Jean Moréas, qui utilise ici l'étymologie du mot « symbole » (« jeter ensemble ») pour désigner l'analogie que cette poésie souhaite établir entre l'Idée abstraite et l'image chargée de l'exprimer. Pour les symbolistes, le monde ne saurait se limiter à une apparence concrète réductible à la connaissance rationnelle. Il est un mystère à déchiffrer dans les correspondances qui frappent d'inanité le cloisonnement des sens : sons, couleurs, visions participent d'une même intuition qui fait du Poète une sorte de mage. Le symbolisme oscille ainsi entre des formes capables à la fois d'évoquer une réalité supérieure et d'inviter le lecteur à un véritable déchiffrement : d'abord voué à créer des impressions — notamment par l'harmonie musicale — un souci de rigueur l'infléchira bientôt vers la recherche d'un langage inédit. L'influence de Stéphane Mallarmé est ici considérable, ce qui entraîne la poésie vers l'hermétisme.
